El término municipal de Basardilla pertenece a la cuenca hidrográfica del Duero. Su curso de agua más importante es el río Pirón, afluente del río Cega. También discurren por su término municipal el río Pironcillo, el arroyo del Valle, el arroyo del Molino, el arroyo del Pastizal y el arroyo de las Corzas.

Por su significativo valor natural, concurren en nuestro término municipal varias figuras de protección de la naturaleza: parte del término está incluido en el Parque Nacional de las Cumbres de la Sierra de Guadarrama y otra parte pertenece al Parque Natural Sierra de Guadarrama de reciente creación; también es Zona Especial de Protección de Aves y forma parte del Plan de Recuperación del Águila Imperial Ibérica.

En su término pueden observarse gran variedad de aves como milanos negros y reales, buitres leonados, buitres negros, águila imperial, águila calzada y culebrera, mochuelo, ratonero, cernícalo, cigüeña, cuco, oropéndola, collalba, alcaudón, mosquitero, ruiseñor, alcaraván…

Dentro de los mamíferos no es difícil ver conejos, liebres, jabalíes, corzos, o la recientemente reintroducida cabra montesa. En nuestro término municipal, también se pueden encontrar zorros, jinetas, tejones y el controvertido lobo ibérico.

Los anfibios también son abundantes en nuestros arroyos y lagunas destacando la presencia del sapo común, el sapo partero, el sapo corredor,  la rana común, la rana de San Antonio, etc.…

Dentro de nuestro término municipal destaca la laguna situada junto al Cerro del Guijo. De origen pluvial. Espacio cercano a la ermita de la Virgen del Pedernal nos permite tener unas preciosas vistas de la Sierra de Guadarrama. Actualmente se encuentra en proceso de recuperación por parte del pueblo.